Nel Mezzogiorno d’Italia la prima Stazione Sperimentale per lo studio delle patologie e l’applicazione di strategie profilattiche delle malattie infettive del bestiame venne istituita a Napoli nel 1908 per volere del Reale Istituto di Incoraggiamento alle Scienze Naturali, su proposta del Prof. Salvatore Baldassare, di origini foggiane, illustre Direttore e Professore ordinario di Zootecnia presso la regia Scuola Superiore di Veterinaria.

Risale a quel periodo la nascita della Sezione staccata di Foggia, una scelta imposta dall’esigenza di avere nel territorio pugliese un presidio sanitario pienamente coinvolto nella lotta alla grave epidemia di vaiolo ovino esplosa in Puglia negli anni successivi alla prima guerra mondiale.

Infatti si deve a questa grave emergenza sanitaria che la Direzione Generale di Sanità dei Ministero dell’Interno, dette parere favorevole all’Istituzione dei Laboratorio antischiavinico (il vaiolo ovino era noto come “schiavina”) di Foggia, come Sezione distaccata della Stazione Sperimentale di Napoli con il preciso scopo di studiare l’epidemia e preparare adatti presidi immunizzanti.

Superata l’emergenza, la Stazione ha ampliato le proprie competenze divenendo via via un punto di riferimento diagnostico importante per tutta la regione. Fu per questo motivo che con il Regio Decreto 21/6/1928 n.1836 avvenne la trasformazione del laboratorio antischiavinico in stazione Sperimentale autonoma.

Nel 1949 la gestione della Stazione venne affidata ad un Commissario governativo con l’incarico di trasformare l’Ente da struttura a carattere provinciale in un complesso interprovinciale e interregionale.

Nel 1952 venivano inaugurate le Sezioni di Bari e Campobasso; nel 1953 quella di Matera e dopo quattro anni anche quella di Brindisi e Lecce. La Sezione di Potenza venne inaugurata nel 1963. Questa, inizialmente appartenente all’Istituto di Napoli, passava poi sotto la giurisdizione di Foggia.

Il decreto Presidenziale 10 Febbraio 1956 n. 463 approvò il nuovo statuto dell’Ente modificandone la denominazione in Istituto Zooprofilattico Salvatore Baldassarre di Foggia. In tale occasione fu chiaramente definita la giurisdizione territoriale dell’Ente a tutta la Puglia, il Molise e la Basilicata.